HomeTHÔNG TIN Y HỌCCẬP NHẬT KIẾN THỨCỨng dụng giải trình tự gen thế hệ mới (NGS) trong chẩn...

Ứng dụng giải trình tự gen thế hệ mới (NGS) trong chẩn đoán di truyền bệnh lý viêm ruột kích thích

Tác giả: TS.BS. Trần Ngọc Tuấn
Người dịch: TS. BS. Nguyễn Đỗ Ngọc Linh

Trong bệnh lý viêm ruột kích thích (inflammatory bowel disease – IBD), phần lớn IBD được cho là bệnh do đa yếu tố hay đa nhân tố. Ở những bệnh nhân có cơ địa nhạy cảm này, thường có một yếu tố môi trường xuất hiện gây kích hoạt để biểu hiện bệnh. Tuy nhiên, trong một số trường hợp hiếm hoi, bệnh IBD hoặc viêm ruột giống như IBD có thể được cho là do các đột biến di truyền đơn gen dẫn đến tình trạng tổn thương đường ruột. IBD đơn gen thường biểu hiện ở tuổi rất trẻ (thường dưới 6 tuổi khi bắt đầu khởi phát triệu chứng) so với IBD đa yếu tố (thường xảy ra ở 20-40 tuổi). Trong nhiều trường hợp, bệnh nhân thể IBD đơn gen có thể không đáp ứng tốt với các phương pháp điều trị thông thường và có thể bị suy giảm miễn dịch nguyên phát. Việc xác định nguyên nhân di truyền của những bệnh nhân này là rất quan trọng vì nó có thể thay đổi kế hoạch điều trị cho họ. Tùy thuộc vào
nguyên nhân di truyền, liệu pháp điều trị nhắm đích hoặc cấy ghép tế bào gốc tạo máu có thể hữu ích. Do đó, việc xác định các yếu tố di truyền này là rất quan trọng vì nó có thể định hướng điều trị, bao gồm cả điều trị nội khoa, phẫu thuật hoặc cấy ghép tế bào gốc và có thể làm giảm tỷ lệ mắc và tỷ lệ tử vong liên quan đến các tình trạng này.

Trong bệnh lý viêm ruột kích thích (IBD), xét nghiệm di truyền có thể áp dụng được để chẩn đoán nhưng chỉ dùng được với IBD đơn gen. Xét nghiệm này sử dụng công nghệ giải trình tự gene thế hệ mới (Next generation sequencing – NGS) để kiểm tra các đột biến ADA, ADAM17, AICDA, BTK, CD3G, CD40LG, CTLA4, CYBA, CYBB, DCLRE1C, DKC1, DOCK8, FOXP3, G6PC3, ICOS, IKBKG, IL10, IL10RA, IL10RB , IL21, IL21R, IL2RA, IL2RG, ITGB2, LIG4, LRBA, MEFV, MVK, NCF2, NCF4, NLRC4, PIK3CD, PIK3R1, PLCG2, RAG1,
RAG2, RTEL1, SH2D1A, SKIV2L, SLC37A4, STAT3, STAT1, các gen TNFAIP3, TTC37, TTC7A, WAS, WIPF1, XIAP và ZAP70.

CÁC GIỚI HẠN VỀ KỸ THUẬT của xét nghiệm này: Giải trình tự gen thế hệ mới có thể không phát hiện được tất cả các loại đột biến di truyền. Phần mềm phát hiện đột biến thêm đoạn/mất đoạn có hiệu quả thấp hơn so với các đột biến nucleotide đơn. Do đó, xét nghiệm này có thể không phát hiện được đột biến mất đoạn nhỏ và đột biến thêm đoạn có chiều dài lớn hơn 8 nucleotide. Các đột biến CNV(copy number variants – các đoạn của bộ gen được lặp lại và số lần lặp lại trong bộ gen khác nhau giữa các cá thể) hiện không được ghi nhận ở bất kỳ gen nào trong bảng xét nghiệm (panel) này. Ngoài ra, có thể có các đột biến hiếm gặp có thể dẫn đến kết quả âm tính giả hoặc dương tính giả. Trong một số trường hợp, các đột biến DNA chưa được khẳng định có ý nghĩa có thể được xác định. Nếu kết
quả không khớp với các dấu hiệu lâm sàng, cần cân nhắc các phương pháp khác để phân tích các gen này, chẳng hạn như giải trình tự Sanger, DNA array hoặc phân tích mất đoạn hoặc lặp đoạn lớn.

Nguồn:
– Mayocliniclabs.com
– Webmd.com

Trân trọng cảm ơn!